Sous le sceau du secret médical, la médecine du personnel a pour mission de préserver la santé du personnel tout au long de son activité à l'Hôpital du Jura. Elle se compose d’un médecin (Dr Jean Gainon) et de deux infirmières (Séverine Bonadei et Manuela Domingues). 

Le médecin du personnel ne se substitue pas au médecin traitant et intervient uniquement pour des problèmes directement liés à l'exercice professionnel des collaboratrices et collaborateurs de l'H-JU. 

La médecine du personnel vérifie également l’état des  vaccinations obligatoires et exigées par l’employeur. La vaccination contre la grippe est proposée et fortement recommandée chaque automne.