Le statut juridique de l'Hôpital du Jura est défini ainsi dans la Loi du 22 juin 1994 sur les hôpitaux (PDF, 142 Kb): "Sous le nom Hôpital du Jura, l'Etat crée un établissement cantonal de droit public qui gère comme une seule entreprise les sites et les autres unités qui lui sont rattachés".

L'H-JU est placé sous la responsabilité d'un conseil d'administration de neuf membres nommés par le Gouvernement. Pour ce qui est de la gestion courante, elle est assumée par le comité de direction.