L'Hôpital du Jura regroupe les sites de Delémont, Porrentruy et Saignelégier ainsi que la Résidence La Promenade, à Delémont. La répartition des activités médicales est définie par le Plan hospitalier du 26 juin 2002 (PDF, 20 Kb). Cette répartition répond à la logique de complémentarité des sites qui, progressivement, remplace la logique d'équivalence. Si autrefois chaque site cherchait à offrir un large éventail de prestations, (logique d'équivalence), la tendance est aujourd'hui à la spécialisation des sites par la concentration de disciplines médicales (logique de complémentarité).

Ainsi, les missions des différents sites diffèrent les unes des autres mais se complètent entre elles afin de mettre à disposition de la population jurassienne une offre aussi étendue que possible